La organización del I.E.S. María Moliner se rige por la legislación vigente (Ley General de Educación y reglamento Orgánico de Centros). No obstante, parece necesario concretar los aspectos funcionales más importantes de la citada legislación en relación con este Instituto.

Órganos de gobierno:

• Colegiados: Consejo Escolar y Claustro de Profesorado
• Unipersonales: Director, Jefes de Estudio (diurno y nocturno), Jefes de Estudios adjuntos, Secretario.

Órganos de Coordinación Docente:

• Departamento de Orientación y Departamento de Actividades Complementarias y extraescolares.
• Departamentos Didácticos de: Artes Plásticas, Ciencias Naturales, Educación Física y Deportiva, Filosofía, Física y Química, Francés, Geografía e Historia, Griego, Inglés, Lengua Castellana y LIteratura, Matemáticas, Música,Tecnología, Economía, Orientación
• Departamentos de FP de: Administración, Informática y Comunicaciones y Electricidad y Electrónica.
• Comisión de Coordinación Pedagógica
• Tutores y Juntas de Profesores de grupo.

Órganos de Participación:

• Profesorado: Consejo Escolar, Claustro de Profesorado, Departamentos y Juntas de Profesores.
• Alumnado: Consejo Escolar, Junta de Delegados, Junta de Evaluación y Asociaciones de Alumnos.
• Padres/Madres: Consejo Escolar, y Asociaciones de Padres y Madres de alumnos (A.M.P.A.)